A trama de "Joia Rara" gira em torno de Pérola (Mel Maia), a filha do casal Franz (Bruno Gagliasso) e Amélia (Bianca Bin), que são de classes sociais opostas e enfrentam a rivalidade de suas famílias para ficar juntos, mas acabam separados por 10 anos. Ambientada nas décadas de 30 e 40, a história começa em 1935, nos Himalaias, quando Franz e seus amigos Eurico (Sasha Bali) e Manfred (Carmo Dalla Vecchia) sofrem um acidente. O primogênito de Ernest (José de Abreu), é encontrado por monges e levado para o fictício mosteito Padma Ling. Lá ele conhece o líder espiritual Ananda Rinpoche (Nelson Xavier) e os dois ficam muito amigos durante toda a recuperação de Franz.
Quando retorna ao Brasil, o rapaz conhece Amélia, que trabalha como operária da fundição de prata de seu pai. Oriundos de mundos tão diferentes, parece improvável que se apaixonem assim, à primeira vista, mas é exatamente o que acontece. Por esse amor, Franz abre mão de sua fortuna, se casa e vai morar no cortiço com a moça. É então que nasce Pérola, a reencarnação de Ananda Rinpoche. O mestre terá morrido no mesmo ano em que a menina vem ao mundo e os monges acreditam que, por compaixão o espírito já tão evoluído opta por voltar ao plano terrestre para continuar praticando o bem. Sonan (Caio Blat) é quem encontra Pérola no Rio de Janeiro e a leva junto com os pais para conhecer o mosteiro e apresentá-la aos monges.
Na segunda fase, a efervecência e boemia da Lapa é retratada no cabaré Pacheco Leão, onde as vedetes fazem seus shows e encantam a todos. As estrelas são Lola (Letícia Spiller) a diva "veterana" da casa, que tem certa rivalidade com Aurora Lincoln (Mariana Ximenes), dançarina e cantora recém-chegada de Paris. Os ativistas da classe operária também estão presentes na história. Mundo (Domingos Montagner) e Toni (Thiago Lacerda) são os líderes do movimento, que luta por melhores condições de trabalho. Mundo vive um romance com a pobre Iolanda (Carolina Dieckmann), que tem o terrível destino de ser apostada e perdida no jogo por seu pai, Venceslau (Reginaldo Faria), sendo obrigada a se casar com o milionário Ernest.
A dupla de vilões formada por Manfred e Silvia (Nathalia Dill) fará de tudo para separar Franz e Amélia, inclusive arquitetando uma maneira de fazer a moça passar 10 anos presa. Ele, por ser filho bastardo de Ernest e cobiçar tudo que seu meio-irmão tem, desde a herança até sua mulher. Ela, tem sede de vingança, pois seu pai morreu na miséria após ter sido preso injustamente por causa do empresário.
Escrita por Thelma Guedes e Duca Rachid, a próxima novela das seis estreia no dia 16 de setembro de 2013, substituindo "Flor do Caribe". Com direção geral de Amora Mautner e de núcleo de Ricardo Waddington e, ao trazer os princípios budistas para o público através de sua dramaturgia e dessa poética história de amor.
Personagens: